Ostatnie kilkanaście lat życia spędził w areszcie domowym w Islamabadzie. Chociaż tyle mogła mu zapewnić jego ojczyzna poddana ogromnej presji USA i społeczności międzynarodowej domagających się wydania i skazania go za rozprzestrzenianie technologii do budowy bomby atomowej. Kiedy informacja o procederze wyszła na jaw w 2001 roku, ówczesny dyktator Pakistanu generał Pervez Musharraf znalazł się w trudnej sytuacji. Dowody wskazywały, że Khan był od dekad szefem międzynarodowej siatki odpowiedzialnej za proliferację broni atomowej na niespotykaną dotąd skalę. Co więcej, wydawało się mało prawdopodobne, by prowadził swój proceder bez wiedzy pakistańskich władz.