Warszawski Szpital Południowy nie zawsze prawidłowo prowadził działalność leczniczą. Nieprawidłowości dotyczyły między innymi nienależytego rozdzielania świadczeń odpłatnych i nieodpłatnych, wyposażenia pomieszczeń i nadmiernego czasu pracy. Stwierdzono też nieprawidłowości w gospodarce finansowej, ale "sytuacja finansowa szpitala pozwalała na jego niezakłócone funkcjonowanie". Tak NIK w najnowszym raporcie ocenia funkcjonowanie szpitala w latach 2022-2025. Raport pierwszy szczegółowo przeanalizował Patryk Michalski, autor programu "News Michalskiego" w TVN24+.