Ostatnie kilkanaście lat życia spędził w areszcie domowym w Islamabadzie. Chociaż tyle mogła mu zapewnić jego ojczyzna poddana ogromnej presji USA i społeczności międzynarodowej domagających się wydania i skazania go za rozprzestrzenianie technologii do budowy bomby atomowej. Kiedy informacja o procederze wyszła na jaw w 2001 roku, ówczesny dyktator Pakistanu generał Pervez Musharraf znalazł się w trudnej sytuacji. Dowody wskazywały, że Khan był od dekad szefem międzynarodowej siatki odpowiedzialnej za proliferację broni atomowej na niespotykaną dotąd skalę. Co więcej, wydawało się mało prawdopodobne, by prowadził swój proceder bez wiedzy pakistańskich władz. 

Ale Pakistan dopiero co poparł amerykańską interwencję w Afganistanie i stał się kluczowym sojusznikiem NATO, które było uzależnione od pakistańskiej pomocy w logistyce i zaopatrzeniu sił międzynarodowych. Jednak Pakistańczycy nie chcieli wydać Khana Amerykanom nie tylko z uwagi na jego rangę bohatera narodowego. Obawiali się też, że może on pogrążyć wojskowych i polityków, ujawniając ich powiązania i rolę w nielegalnym handlu bronią.

Stanęło więc na ugodzie, w ramach której Khan ostatecznie przyznał się w 2004 roku w telewizyjnym wystąpieniu do handlu technologią nuklearną, ale całą winę wziął na siebie, twierdząc, że władze Pakistanu nie znały w pełni jego działalności. W zamian za to zamiast przed międzynarodowy trybunał trafił na zasłużoną emeryturę w swojej komfortowej willi. Amerykanie machnęli na to ręką, upewniając się jedynie, że broń nuklearna z siatki Khana nie trafiała w ręce islamskich terrorystów.

A.Q. Khan zmarł 10 października w wieku 85 lat, zabierając swoje sekrety do grobu.