Jest bardzo płochliwy, unika ludzkich siedzib i rzadko klekocze. Bocian czarny w Polsce jest gatunkiem niemal unikatowym. Dlatego internauta Ardziu1 bardzo się zdziwił, gdy spacerując po Warszawie, dostrzegł w zaroślach na Saskiej Kępie bociana o czarnym upierzeniu. Sfotografował ptaka, a zdjęcia umieścił w serwisie Kontaktu 24.